洪仲丘案除了消失的監視器畫面外，洪仲丘在軍中所寫的「大兵手記」卻只記錄到去年12月，有半年的內容都不知去向，洪仲丘的姐姐洪慈庸質疑，部分內容是被刻意隱藏起來。
據《中國時報》報導，洪慈庸表示之前家屬要求軍方提供「大兵手記」，結果軍方以一句「不見了」塘塞，經家屬嚴正要求，在第二次開偵查庭時才主動拿出來。但卻有半年的時間是一片空白，手記內容只寫到去年12月25日，之後便沒有紀錄，活頁型的大兵手記，即便內頁被撕下也不留痕跡，家屬對日記真實性感到質疑。
根據軍中規定，服役的阿兵哥都要寫大兵手記，一本大約可以寫一年兩個月，並且要給連上長官，包含連長、輔導長輪流批閱，政戰主任戴家有發現洪仲丘的大兵手記超過半年沒寫，也相當震驚。另外，軍人遭禁閉期間，依規定要寫禁閉悔過心得，家屬原本完全不知道有悔過心得，還是透過報料才知道的。洪慈庸不禁問道，軍方到底要隱藏多少事情，家屬總是透過爆料才知道。
立委薛凌21日也表示，接獲自稱是軍人的爆料電話，爆料者指出，洪仲丘的悔過心得內容字字血淚，但是因為內容並未朝向軍方所希望的改過方向而被要求重寫。如今該份報告已被軍檢處列為證物，因偵查不公開原則，無法公開內容。