媒體報導，檢察總長可依據「法院組織法」規定，就陸軍下士洪仲丘案涉及重大秩序的案件，出面指揮、協助軍事檢察機關辦案。
最高檢察署指出，洪仲丘案依目前事證，除湮滅證據罪是「陸海空軍刑法」及其特別法以外之罪，軍法機關已函送桃園地方法院檢察署偵辦外，餘均屬現役軍人涉犯陸海空軍刑法相關罪嫌，依軍事審判法規定，司法機關並無審判權。
最高檢表示，至於特殊重大貪瀆、經濟犯罪、危害社會秩序案件，檢察總長得依「法院組織法」第63條之1第1項第3款規定，指定為最高檢特別偵查組職司案件，但檢察總長僅得就司法機關有審判權的案件予以指定，不得違反軍事審判法規定，破壞軍、司法審判制度，將軍法機關審判的案件，指定為特偵組職司的案件。
最高檢說，民國85年發生的「江國慶案」，監察院於民國99年6月移送最高檢時，因涉案的反情報隊員其中1人仍具現役軍人身分，軍法機關固有審判權，但其他14人於發覺時，均已離職，不具現役軍人身分，依軍事審判法第5條第2項規定，軍法機關並無審判權，所以由國防部高等軍事法院檢察署檢察官及台北、台中地檢署檢察官分別就現役軍人及非現役軍人部分偵查。
當時為齊一軍、司法偵查作為，避免認定兩歧，由檢察總長積極統合軍、司法機關偵辦，所為處置，均符合法院組織法、軍事審判法規定。