館方初步列出幾項疏失，包括從館內大洋池吊掛時耽擱，出海時機具動力不足，野放後海上監督不夠確實，鯨鯊體長測量有誤，以及沒有重機具運到更遠處野放造成兩度洄游擱淺等五項。
海生館產學合作中心主任李展榮表示，事前的風險評估中，都認為成功機率有八成以上，因為當年野放鯨鯊「嘉嘉」時，鯨鯊沒有洄游擱淺的現象，討論野放計畫時，最擔心的部分大多在館內吊掛的過程，最後問題竟出在野放過程，讓館方始料未及。
動保團體籲檢討BOT政策
台灣動物社會研究會主任陳玉敏指出，整個野放過程似乎被ＢＯＴ廠商「綁架」，館方無法確實監督或制止，動保團體想參與也遭拒絕，在過程中讓鯨鯊在緊迫的空間中搬運，館方人員實在是「既辛勞又窩囊」，希望這次教訓，政府能檢討相關的ＢＯＴ政策。
至於二號鯨鯊野放一週後的下落，李展榮說，第三度野放時，學者希望探究兩度擱淺謎題，取下衛星追蹤器研究，但鯨鯊身上仍有特殊標籤，已經通告漁民及海巡單位注意。