洪仲丘死亡案引發軒然大波，國防部高等軍事法院檢察署今天依洪仲丘所屬單位542旅副旅長何江忠上校，涉犯職權妨害自由等罪，且有滅證、串證之虞，向高等軍事法院聲請羈押獲准
軍方針對此案，最高軍事法院檢察署組成專案小組，校級、將級軍官涉案，由高等軍事檢察署調查；尉級以下軍士官兵由北部地方軍檢署調查。但洪家擔心「官官相護」，希望軍檢署退出本案偵查，交由地檢署偵辦，以昭公信。
然而，法界人士表示，由於本案涉案者都是軍人，且涉犯陸海空軍刑法，依照軍事審判法規定，應由軍檢調查，地方法院檢察署沒有審判權，無法介入。家屬若不滿意調查結果，依法可向上級軍事法院檢察署檢察長聲請再議。
相較於空軍士兵江國慶遭冤殺後，事後被告許榮洲遭特偵組偵辦起訴。法界人士表示，由於軍事審判法規定，「犯罪在任職服役中，發覺在離職離役後者，由法院審判」，江案牽涉前空軍作戰司令陳肇敏等人當時已退休離役，因此才由檢方偵辦。
洪仲丘畢業於成功大學交通管理科學系畢業，在退伍前夕因違規攜帶照相功能手機遭送關禁閉，7月3日在營區體能訓練後身體不適送醫不治。