未評估國安等非經濟因素
台聯秘書長林志嘉也批評，中經院對服貿協議的評估報告，徹底忽視該協議只對少數大財團有利，卻危及四、五百萬勞工之生存；這是徹底的不對等戰爭，形同壓著台灣人民的脖子讓中國掐。
此外，洪財隆指出，此評估報告採用「多國貿易分析模型」，是國際通用、標準化的雙邊經貿自由化評估模型，但中國對台灣存在很多非經濟考慮，台灣與其他國家，是民間資本對抗民間資本，兩岸之間卻是台灣民間資本對抗中國的官方資本。
他批評，該評估非常狹隘，關於社會衝擊，包括對人民生活方式、外國資本對本國產業、人員移動對人口結構與勞動市場等影響，甚至更高層次的國安衝擊，在報告中完全看不出來。
洪財隆說，服貿協議不僅是關稅減讓，是中資、中勞來台的通道，對台灣社會的衝擊廣泛且深入；中國資本對外投資都是國營、公營企業等，中資到國外投資的某些行業，容許五年沒有盈餘，先搶攻市場占有率，當價格的破壞者，最後取得整個市場，服貿協議一旦通過，後遺症可能浮現。
民進黨立委林佳龍說，中經院評估服貿協議效益對我國ＧＤＰ最多增加新台幣四十億元，與經濟部五月底報告的二千二百億元「天差地遠」。
藍委質疑：如何說服業界？
不只在野黨砲聲隆隆，國民黨立委也對報告「看不下去」。曾任台灣經濟研究院研究員的國民黨立委江啟臣批說，這份報告只用靜態的模型跑完冷冰冰的數字，連個別產業分析都沒有，如何說服業界？
這份評估報告雖有二十六頁，不過卻被江啟臣吐槽，只有前面十二頁是分析，後面全是附錄。他認為應加入簽署協議前後的正負面效應、本國優勢產業等，才能讓業者有信心。