財政部表示，受災戶應於災害發生後30日內，檢具損失清單及證明文件，報請管轄國稅局分局或稽徵所派員勘查；經核定後，年度綜合所得稅或營利事業所得稅結算申報時，能列報災害損失。
財政部說明，如果災區內工廠或分支機構與總公司在不同縣市，可就近向工廠或分支機構所在地國稅局分局或稽徵所申請派員勘查。
綜合所得稅災害損失金額認定是，申報損失總金額在新台幣15萬元以下，由國稅局給書面審核，不用再派員實地勘查；營利事業所得稅申報損失總金額在500萬元以下者、受損標的物投有保險部分或可提供會計師簽證報告者（不論金額多寡），由國稅局給書面審核，不用派員實地勘查。
財政部也表示，小規模營業人因災害影響無法營業，可以向管轄國稅局分局或稽徵所申請，扣除沒營業的天數，以實際營業天數查定營業稅。娛樂業者因災害無法營業，可向地方稅稽徵機關申請扣除沒營業天數，按比例核減當期娛樂稅。
至於已課稅的貨物如果受損、消失而不能出售，廠商應檢具證明文件，依貨物稅條例第4條及貨物稅稽徵規則有關規定辦理退稅。已納菸酒稅的菸酒如受災，災害發生後30日內檢具損失清單及相關證明文件向管轄國稅局報備，可辦理退還菸酒稅及菸品健康福利捐或銷案。
財政部說，如果房屋在災害中受創，受災戶得依房屋稅條例第15條規定，於災害發生之日起30日內，向房屋所在地地方稅稽徵機關申請減免房屋稅。房屋毀損面積占整棟面積3成以上不及5成者，房屋稅減半徵收；毀損面積占整棟面積5成以上，必須修復始能使用者，免徵房屋稅。
地價稅則依土地稅減免規則第12條規定減稅，也要在災害發生後30日內，向土地所在地地方稅稽徵機關提出申請。
至於汽車、機車（151CC以上）因這次風災受損，需修復才能繼續使用或無法再使用，民眾應向監理單位辦理報停或報廢手續，自災害發生之日起1個月內，檢具監理單位核發證明文件，就能向地方稅稽徵機關申請退還自災害日起已繳納的使用牌照稅。