海研五號在2013年2月下水首航後，在5月及6月中旬分別到中沙黃岩島附近水域，以及我國最南疆土--南沙太平島進行海上調查任務。由於海研五號是大型研究船，配有精密量測儀器，在夏季旺盛西南氣流及颱風氣候下，仍可出航作業。
從船上的「多音束海床測深儀」描繪出3D海底地形後，了解中沙群島唯一露出海面的黃岩島底下，有許多海底火山，代表2萬多年前南海擴張時，板塊運動非常活躍，因此很有可能暗藏稀土等重金屬礦物；另外，當船接近太平島時，水深一下從接近台北101高度的460公尺深驟減只剩6公尺，才終於知道太平島所在區域是「鄭和群礁」的一部分。國研院海洋中心主任龔國慶說：『(原音)當我看到200公尺的下一刻，不到1分鐘就忽然變得那麼淺，我在船上，眼睛就看到海底了，真的是兩腳發軟。所以要做任何科學調查、要去維護海疆，第一件事情就是要把海底地形摸清楚，不然船根本沒有辦法靠近。』
國研院院長陳良基指出，以前因為測量儀器不足，只能做單點或定點量測，一點一點拼出海底樣貌；這次藉海研五號做出相當完整的海底地層結構量測，對未來海底地層研究很有幫助。