若其堆積在人體內，則可能影響健康。美國西維吉尼亞大學針對2萬6千名女性進行大規模研究，發現42至64歲的女性，若血液中全氟碳化物濃度較高，停經時間也較早。全氟碳化物也被認為可能使體內壞膽固醇增加，甚至影響免疫系統。
全氟辛酸是全氟碳化物的一種，美國環保署諮詢委員會曾於2006年2月提出全氟辛酸安全評估報告，並將其列為可能致癌物，於2009年3月訂定飲用水之暫行管制限值為0.4ppb。
我國環保署於2010年依毒性化學物質管理法，將全氟辛烷磺醯氟、全氟辛烷磺酸、全氟辛烷磺酸鋰鹽列管，依環境用藥管理法公告禁用。（整理：記者洪素卿）