兩岸兩會互設辦事處，讓不少人擔憂海協在台機構，未來恐演變為香港中聯辦。對此陸委會主委王郁琦受訪時坦言，當前兩岸接觸相當頻繁，就算辦事機構沒有過來，還是有很多種聯絡方式，陸方若有意圖，這些問題本來就已存在，和辦事機構是兩個問題。
王郁琦評估，未來兩會互設辦事機構，跟香港中聯辦（中央人民政府駐香港特別行政區聯絡辦公室），絕對不會產生類似的情況。
他認為，台港畢竟在歷史時空背景有所不同，香港當初是英國殖民地，在一國兩制制度下有回歸問題，因此大陸為了對香港政情有些掌握，才會先設立新華社後來改為中聯辦，「有獨特的歷史性與時空背景」。
反觀台灣，有自己的國會、自己的總統，完全民主的社會、媒體非常自由發達，政治人物受到公民監督，「這跟香港當初背景是不同的，因此不至於產生這樣情況」。
王郁琦直言，大陸若有心操控台灣政治，就算辦事機構沒有過來，還是有很多做法，「電話難道不能聯絡嗎？到香港難道不能見面嗎？甚至直接到大陸？」因此這個問題「本來就會存在，跟互設辦事機構是兩個問題」。
即便如此，王郁琦認為，當對岸人員到台灣來，還是要有一定的行為規範，畢竟一個辦公室到台灣，所有動作都是動見瞻觀，這點雙方在協商過程中，已有非常清楚的表達，對方也完全了解。
王郁琦表示，若未來派駐到對方境內人員，明確做出違法法律的行為，輕則口頭警告、重則會請人離境，如果是機構的話，甚至不排除撤銷設立許可，「這些規範，未來協商一定會講清楚，既然來了，就必須遵守規範」。