航港局表示，馬祖小三通航線由台灣大和航業、長億航業，以及一家中國業者經營，航線由馬祖南竿福澳港至福州馬尾，航程約九十分鐘，開通以來，人數逐漸成長，九十八年對中客開放小三通自由行後，人數突破九萬人次達到高峰。
開放大三通後 乘客驟減
不過，航港局航務組長許國慶表示，馬祖航線時間長、票價一千三到一千五百元也較高，加上前往台灣的航班也少，所以開放大三通後，馬祖小三通人數就急遽減少，去年僅兩萬多人次，業者不堪虧損，有意要停航。業者也抱怨，今年小三通每月載客僅兩千多人，平均每開一趟就要虧三萬元，「開一趟賠一趟」，只能做「最壞打算」。
許國慶說，小三通不屬離島航線補貼範圍，業者要停航，只能尊重，但中國有給業者補貼，所以會持續維持航線，「馬祖小三通不會斷」，但坦言這樣「面子不好看」。
不過，許國慶也說，先前和中國舉行的「小兩會」已計畫新增北竿到黃岐航線，估計航程僅二十分鐘，票價約五百元，有興趣的業者不少，但仍需待中國完成協商，並等中國完成黃崎的航運大樓後，才能通航。
至於和馬祖同步開放小三通的金門，同樣也受影響，許國慶說，去年金門小三通為一百四十五萬多人次，較前年減約兩萬多人次，但因往來航程時間較短，金門往台灣的班機也多，受大三通影響還不像馬祖那樣明顯。