台灣環境資訊協會－環境資訊中心6月27日刊載「金門發展警訊：集水區BOT遭檢舉水頭商港變更用途未獲認可」。
縣府指出，水頭港區原開發目標以分攤料羅港貨運量的貨運港，並在民國88年11月16日通過環評審查。自90年兩岸小三通開放以來，水頭港區負擔金門海上客運服務，100年6月開放陸客自由行後，旅客運量大幅增加。料羅港自民國98年起擴建碼頭，提升貨運能量，原水頭港區分攤貨運形態已由「貨運」轉變為「客運」。
縣府指出，水頭港區整體開發規模港區範圍、外廓防波堤、港池及陸域等並未擴增，且與環保署環評審議的內容相同；縣府提送水頭商港環差報告，申請開發行為變更內容主要是將水頭港區營運形態由「貨運」轉變為「客運」，且申請變更陸上設施及位置、增設必要公共設施及景觀綠地等。
縣府表示，整體而言，環差報告申請內容為政府預定投資興建的客運中心、碼頭船席及公共設施等，且依環境影響評估法施行細則規定檢討；經環評委員充分討論後，主席結論時宣布申請內容並不涉及環評法施行細則第38條應重新辦理環評，所以請縣府依委員審查意見將環差報告補正後再送專案小組審查。
縣府也指出，水頭商港環差報告初審會議結論是補件後續審，與「金湖鎮商務旅館」集水區及「水頭商港北側聯外道路工程」沒有直接的關聯影響。