下午2時以後，南投縣天氣驟變，烏雲密布、雷電交加，包括日月潭、魚池鄉、埔里、國姓及信義鄉青雲、仁愛鄉文文社山區都陸續下起傾盆大雨，其中，日月潭、魚池、青雲、文文社的累計雨量都破100毫米，日月潭、魚池的時雨量更飆到70毫米以上。
這場大雷雨，因為雨量過於集中，雨水宣洩不及，除了造成部分低窪地區積水，山區道路也出現落石坍方，交通受到影響。
6月2日南投地震曾嚴重坍塌的信義鄉台16線31.5K地利村合流坪路段，下午3時多發生土石崩塌災情，由於道路狹窄，路面遭土石覆蓋，交通中斷。公路總局信義工務段勘查後，估計要到明天下午5時才能搶通。
另據埔里工務段指出，中潭公路（台21線49K）暨南大學前路段、日月潭環湖公路2.5K路段也有落石坍方及土石泥流，工務人員到場警戒，僅能維持單線通車。