民國97年發布的「普通高級中學課程綱要」，99學年度由高中一年級實施，因此被稱為「九九課綱」；今年學測、指考，首度以九九課綱為依據。
由於是九九課綱初次登場，考前外界猜測新增內容可能會是考試重點；但指考首日3科考完，卻沒有明顯增加。
今年物理題目普遍被認為偏難，補教界甚至預估五標將大降10分。而補教物理老師張景超表示，九九課綱新增內容，只有零星出現在選項中，尤其宇宙學的部分，原本被認為是重點，卻沒有出題。
化學科部分，補教老師王宇指出，選修化學實驗「奈米硫」，是新教材唯一入題的內容；不過，新課綱著重的科學實驗，倒是很受到重視，尤其是廢棄物處理技巧，今年特別有考到，有助提升年輕人的環保概念。
生物科部分，補教老師游夏說，可能是新課綱第一年命題，不敢出太多，只有第13題和21題是新內容，但難度不高，不是決勝關鍵。而高二下「應用生物」部分，完全沒有出現。整份試題做下來，游夏幽默地說，即便是讀舊課綱的重考生，也不會覺得吃力。