根據教育部先前規劃，十二年國教政策，高級職業學校全面補助學費，高級中學學費設補助基準，家戶年所得新台幣148萬元以下者全額補助，預估5年可省下137億餘元。
三讀通過條文明定，高級中等學校應採多元入學方式招生，以免試入學為主，經核定者可就部分名額辦特色招生。特招應採學科考試分發或術科甄選方式，採學科考試分發特招，應於免試入學後辦理。
三讀通過條文也明定，高級中等學校學生，符合一定條件者，免納學費，但未具中華民國籍、重讀及入學方式未依規定並報主管機關核准的私立學校學生不適用。免納學費由政府編列預算補助學生，由中央主管機關負擔所需經費，特定情形除外。
民主進步黨立法院黨團版修正動議規定，高級中等教育應採免試及全面免學費，並由教育部編列預算補助。
親民黨團修正動議，高級中等教育應銜接九年國民義務教育，以就近入學、均優質化、多元適性為目標，並免學費。
不過，民進黨團與親民黨團版修正動議都遭中國國民黨團以人數優勢否決。
院會三讀通過，民國103學年度各就學區免試入學總名額，應占核定招生總名額75％以上，並逐年提升，到108學年度應占85％以上。103學年度各校免試入學名額不得低於25％，可逐年檢討調整。
三讀通過條文規定，申請免試入學人數超額時，得以學生在校健康與體育、藝術與人文、綜合活動領域的學習領域評量成績及格與否作為比序項目。
院會也三讀修正通過專科學校法部分條文，專科學校五年制招生方式以免試入學為主，並得就部分名額辦理特招；五專前3年學生，符合一定條件者，免納學費，但未具中華民國籍、重讀同一教育階段者除外。
另外，院會原訂下午2時30分開會，台灣團結聯盟黨團占據議場主席台，台聯黨團總召集人許忠信等人高喊「12年國教勿倉促上路」；親民黨團則在議場拿出「藍綠亂教改、反對假國教」海報。
直到下午3時27分，多名中國國民黨籍立委走到主席台，以人數優勢拉離許忠信等人，院會才順利開始，許忠信等人則退席離開議場。