為因應貿易自由化，在ECFA早收清單時，政府便已編列新台幣952億元補助可能受損產業，業界可以向經濟部貿易調查委員會申請；不過，根據經濟部的資料顯示，自2011年1月ECFA早收清單實施至今，沒有任何一家廠商因為ECFA受損而向政府提出申請。經濟部次長卓士昭：『(原音)ECFA早收到現在，我們貿易調查委員會總共只接到2件申請案。這2件申請案後來我們審核之後，發現它不是因為ECFA早收而受損，因為其他原因而受損，所以事實上這個952億元在ECFA早收實施到現在為止，沒有任何廠商運用這個。』
在行政院的指示下，因服貿協議而受損的業者也可以申請這項補助。馬英九總統26日上午也表示，政府已編列952億元協助受到衝擊的產業。
對於外界批評服貿協議開放中藥材批發商來台投資，卓士昭則澄清，大陸中藥材批發商早在2009年就已經獲准來台，4年來只有同仁堂來台投資，並不如外界所說「大陸中藥材業者大舉侵台」。卓士昭：『(原音)事實上，98年6月份開放到今天，將近4年，共只有2個申請案，實際上來台灣只有1件，就是同仁堂，並不會如報上所講大陸中藥材批發商會壟斷台灣市場。』
卓士昭表示，對於台灣要和其他國家洽簽自由貿易協定，服貿協議是個重要指標。如果服貿協議因立法院逐條審查而出現變動，就可能要重新談判，這對台灣未來經濟發展相當不利。