立法院內政委員會原訂今（20）日審查「大陸地區處理兩岸人民往來事務機構在臺灣地區設立分支機構條例草案」等法案，卻遭到民進黨、台聯、親民黨等在野黨立委佔領主席台杯葛，會議被迫停擺。對此，陸委會今日發布新聞稿表示，對於在野黨的抵制，陸委會表達遺憾之意。陸委會表示，政府依據中華民國憲法及、兩岸人民關係條例，務實處理兩岸相關事務，在兩岸兩會互設辦事機構的協商過程中，一向堅守國家主權與保障民眾權益立場，絕無退讓、也未曾鬆動。
針對外界對兩岸互設辦事處的質疑，陸委會表示，主委王郁琦今天在國民黨團2度舉行的記者會中，亦再次重申政府對於兩會互設辦事機構的政策立場，並強調在協商過程中，政府均秉持公開透明原則，主動說明協商進展，其公開透明程度超越以往簽署的18項協議；絕無部分人士所稱落入中國「一中原則」、「出賣主權國格」、「密室商談」等情形。
陸委會表示，對於立法院在野黨團關切未完成協議前先通過法案，將會有空白授權行政部門的問題，王郁琦在立法院的記者會中表示，這非但不是空白授權，反而是立法部門對行政部門的指導與監督；本草案優先完成立法程序，可做為立法引導行政機關的重要助力。陸委會還指出，根據6月份最新民調顯示，逾七成（71.1%）民眾贊成政府推動兩會互設辦事機構，七成二（72.4%）民眾支持優先將法案送請立法院審議。
有關各界對於兩會互設辦事機構的關切與質疑，陸委會表示，如政府未爭取到人道探視，就無設處必要的意見，有關通報與人道探視的協商部分，在通報方面已爭取到超越過去協議的新進展，未來國人在中國人身自由受到拘束時，除依照之前協議通報主管機關及通知家屬外，也將通報辦事機構；人道探視部分，目前我方民眾在中國遭關押超過1,500人，陸方確實還未鬆口，但是我方已向中國提出，此一議題係我辦事機構關懷服務民眾的重要核心功能，對於社會各界的期待與要求，陸委會將謹記在心，並全力積極爭取。
陸委會表示，雖然立法院今日無法審查大陸來臺設立分支機構的條例草案，但未來政府仍將在法案的推動，以及協商工作的規劃上繼續努力，並且持續秉持公開透明、積極溝通的態度，充分向國會及社會大眾說明相關內涵，爭取各界對此一政策之支持。
另外，針對今日部分在野立委對兩會即將洽簽兩岸服務貿易協議效益與內涵的質疑，陸委會表示，服貿協議是ECFA架構下的重要貿易協定，雙方在「優勢互補」及「互利雙贏」的原則下，相互開放市場，對邁向兩岸經貿全面交流合作，及提升ECFA效益均將產生積極動力。
陸委會表示，兩岸簽署此一協議，展現臺灣在因應貿易自由化過程中的準備與決心。王郁琦亦指出，兩岸簽署服務貿易協議後，對未來臺灣與其他國家的雙邊與自由貿易協定，及參與經濟整合，如加入「跨太平洋戰略經濟夥伴」（TPP）、「區域全面經濟夥伴關係」（RCEP）等，提供正面的助益。陸委會表示，政府就此議題已多次向國會充分溝通說明，絕無「黑箱作業」之情事。此一協議即將在明（21）日兩會高層會談中簽署，後續亦將積極落實相關內容，陸委會呼籲各界應正面看待此一有益國家經濟的重大政策。