據指出，我國今年爆發順丁烯二酸問題澱粉事件，但中國二○一一年就傳出長春有順丁烯二酸澱粉冒充食品變性澱粉銷往山西、內蒙、山東，我國食品藥物管理局卻毫無所悉，顯然通報機制並未落實。
食品藥物管理局食品組長蔡淑貞表示，確實沒有接獲前述消息，可能當地判斷為區域性事件，未透過協議機制通報。
外界也質疑，當年兩岸食品安全協議明訂「受害人權益」要給予積極協助。但協議簽署五年以來，三聚氰胺毒奶粉事件廠商求償事宜，卻遲無下文。蔡淑貞說，食藥局人員曾陪同台灣東碱與中國公司面對面協商，只是雙方無共識；去年五月也安排金車公司赴中國山東。
而兩岸農產品檢疫檢驗合作協議簽署至今也已三年多，簽署前，農委會宣稱協議有助疫情、資訊獲得；但以今年春天爆發的H7N9禽流感為例，防檢局只能從中國官方網站獲得疫情資訊，而且僅派正好在中國參加研討會的「學者」，透過台商與民間友人協助，「順便」到爆發疫情的上海瞭解，帶回的資訊有限。
防檢局解釋，協議內容僅涉及進出口的農產品，我國家禽產品有出口中國，但中國相關產品仍禁止來台，因此中國的疫情才未通報我國。
不過，學者李武忠強調，防疫與食品安全是全面的，怎可選擇性通報與交流？尤其兩岸的檢疫與檢驗標準寬鬆不一，更需後續協商與檢討，才能使得協議有實質效果。