江揆在被台聯立委許忠信問到是否也主張「一個中國」時回答，如果依照憲法，他主張「一個中國」。但江揆說，他沒有在「吳習會」現場，不了解兩人對話具體內涵，他相信吳伯雄的「一個中國」是指中華民國，因為中華民國底下分為大陸地區與台灣地區，我方從來不是用中國大陸的方式來解釋「一個中國」。
陸委會主委王郁琦昨參加在高雄舉辦的台商端午節聯誼座談，會後受訪時也表示，不管是所謂的「一中架構」或「一中原則」，政府的立場很清楚，「一中就是中華民國」。
雖然行政部門有所澄清，不過吳伯雄此行獲得馬英九的「授權」，吳向習近平提及的「一中架構」、「反對台獨」被認為是馬向中方傳達的意見。民進黨團書記長邱議瑩抨擊，馬在二○○八年大選時，提出「堅決主張台灣的前途必須由台灣人民自己決定」之文宣，怎麼現在只剩一中、反獨，台灣人民應自己決定前途，不是由國民黨、馬英九、吳伯雄說了算。
民進黨立委陳其邁痛斥，吳習會就像一塊綁架全民、閹割主權、斷送台灣未來的遮羞布，國共雙方必然經此順勢推動具體的政治協商；而在馬英九已毫不掩飾其叛台傾中、化獨漸統之立場下，主權流失、現狀改變、民主價值受創等三大危機，必持續惡化，終將台灣葬送在國共雙方的談判桌上。
另對吳伯雄提到「增強民族認同與祖先無從選擇」等主張，立委許忠信駁斥，祖先無從選擇說根本是「數典忘祖母」，因為當年在「有唐山公、沒唐山嬤」的歷史背景下，很多台灣人的祖先就是平埔族原住民，其說法就是典型的父系霸權。