此外，在辦事機構設置的名稱、地點方面，政府提出第一階段開設地點為北京、上海及廣州；大陸方面提出設置地點為台北。
行政院大陸委員會晚間針對兩會（海峽交流基金會與大陸海峽兩岸關係協會）互設辦事機構提出說明。在辦事機構主要業務功能方面，雙方對於經貿、文化、教育、社會交流及急難救助等業務功能方面已有共識。
在辦理旅行證件服務方面，雙方已就便利人員往來兩岸，提供辦理旅行證件的服務與諮詢功能進一步交換意見，有關未來執行方案，雙方將再進一步協洽主管機關確認。
有關通報與人道探視方面，雙方同意除依據既有協議通知家屬、通報對方主管機關外，兩會也將即時通報對方辦事機構；政府同時提出對遭人身自由限制人民的人道探視，雙方將會同主管機關研議處理的方式。
在保障及便利措施方面，雙方同意提供辦事機構辦公場所不可侵犯、人員人身不可侵犯、檔案文件不可侵犯及證件便利等項目，具體細節將進一步洽商主管機關意見。同時雙方就相互免除民、刑事及行政管轄議題，積極進行可行的安排。