免學費與免試入學是教育部推動12年國教的2大核心精神，但隨著「免學費部分排富」、「免試要辦會考」的政策改變，全國教師工會總聯合會批評所謂12年國教早已殘缺不全、名不副其實。
不過，更讓他們憂心的是，教育部配合12年國教推動的3大配套關鍵政策「高中職均優質化」、「國中小補救教學」、「國中適性輔導」其實並未準備好。他們質疑高中職優質化淪為一般認證，與社會理解有落差；沒有提供足夠的經費與人力進行國小補救教學與國中適性輔導，未來12年國教的品質令人憂心。
教師工會表示，距離明年實施12年國教仍有1年時間，教育部應該記取政策被迫一再轉彎的慘痛教訓，儘早補救，讓家長安心。全教總副理事長吳忠泰說：『(原音)我們真正的意思並不是把它(12年國教)擋下來，因為擋下來的後座力和傷害很大，而是提醒趕快藉由這個慘痛教訓知道你真的還沒有準備好，但是你又讓人民無法停下來，那你做的補救是什麼？』
教師工會也質疑12年國教政策一再改變，教育部相關規劃官員應負起政治責任，並要求監察院調查。