民進黨要求懸掛國旗
行政院版盼能在兩會架構下，獲立法院充分授權；民進黨版要求國會實質監督、兩岸設辦有同等待遇，並懸掛國旗、揭示國徽；台聯版則註明不保障中國駐台人員違反我國主權、基本人權之行為。
朝野的修法版本，光名稱就大有歧異。行政院版為「大陸地區處理兩岸人民往來事務機構在臺灣地區設立分支機構條例草案」、民進黨版為「台灣與中國處理雙方人民往來事務機構相互設立分支機構條例草案」，台聯版則是「臺灣與中華人民共和國處理人民往來事務機構設置條例草案」。政院版將兩岸視為「兩區」，民進黨版與台聯版則定位為「兩國」。
國家主權方面，民進黨、台聯版皆嚴格要求不得損及國家主權及尊嚴；民進黨版還規定雙方館舍、交通車應懸掛國旗並揭示國徽。
政院版雖稱應注意是否符合國家利益、對等原則，但因不把對岸視為主權國家，並未像在野黨明文定出禁損國家主權條款。
另外，不管是設置之許可要件、程序、方式、活動範圍、應遵行事項、駐台人員居留條件、館舍特權、人員豁免權等，政院版及台聯版都授權陸委會，只須報行政院核定即可。民進黨版則要求所有事項皆須送立法院兩岸事務因應對策小組及立法院會同意。
民進黨版特別規範分支機構應具協助及保障雙方人民合法權益、轉送官方文書、核發旅行文件、驗證文書、任公證人、行使探視權等功能。政院版及台聯版則未要求。
民進黨版也要求在「維也納領事關係公約」下，對等處理分支機構的權利與義務；並要求台灣應在中國給予對等的館舍特權、人員豁免權下，給予駐台分支機構同等特權。
民進黨版另訂定「不受歡迎人員條款」，授權陸委會能在不告知中國政府任何理由下，宣告特定駐台人員為不受歡迎人員，撤銷其駐台證書。
政院版及台聯版則賦予分支機構等同於外館之特權，但不要求中國比照辦理。但台聯版註明不保障駐台人員違反我國主權、基本人權之行為，另要求雙方互設辦事處一年後，終止委託海基會辦理雙邊交流工作。