吳釗燮表示，問題嚴重的是，行政院版的名稱是「大陸地區處理兩岸人民往來事務機構在臺灣地區設立分支機構條例草案」，從法案名稱來看就是一國兩區的設計，國民黨去年派榮譽主席吳伯雄赴中國提出「一國兩區」，是否為了這件事？相關問題如果沒有釐清，馬政府等於昭告全世界接受一國兩區，造成對台灣永久性的傷害。
民進黨將在立院臨時會阻擋行政院版強渡關山，要求就民進黨版本一併協商。吳釗燮說，民進黨認為兩岸互設辦事處絕對不能損及台灣的主權與尊嚴、地位要對等、定位要清楚、運作要透明、功能要符合社會各界的實際需要，「民進黨不是反對互設辦事處，而是反對馬政府現在的做法」。
吳釗燮表示，民進黨很擔心馬政府與中國所談的，就像中國在香港所設的中聯辦，這等於是承認台灣是中國的一部分，有關定位問題，民進黨認為絕無模糊空間，絕對不能接受香港模式。
吳釗燮指出，民進黨所提「台灣與中國處理雙方人民往來事務機構相互設立分支機構條例草案」，明定兩岸辦事處應具有領事探視權、核發護照及旅行證件、文書查驗、擔任公證人等功能；行政院版則是空白授權行政機關自訂，民進黨並訂有防弊機制，包括在損害國家主權、影響國家安全等條件下，不許可中國來台設立辦事處，國民黨則只有「應注意事項」，規範不明確。