近期不少聲音對兩會互設辦事機構有諸多批評，認為馬政府過度附和大陸「一個中國」原則。對此陸委會12日表示，政府推動兩岸政策、互設辦事機構等，都依據憲法來確立關係定位，以「一個中華民國、兩個地區」做為我方基本主張。
陸委會表示，政府推動兩岸關係，是依據憲法及兩岸人民關係條例，根據憲法，中華民國是主權獨立國家；而我國憲法上的領土，涵蓋台灣與大陸，政府當然不能承認在我國大陸領土上，另有一個國家的存在，因此我們不能承認對岸是一個國家。
既然如此，兩岸關係當然不是「國與國」關係。此外，在國家定位上，政府依據中華民國憲法施政，絕無自我矮化或附和大陸「一個中國」原則的情形。
陸委會表示，這5年來，兩岸關係順利開展，雙方已實踐「互不承認主權、互不否認治權」的務實精神，未來在互設辦事機構的協商過程中，也會堅守既定立場，對國家主權、民眾福祉不會有任何退讓。
儘管對岸近期不斷拋出政治談判議題，但陸委會重申，在國內共識未形成之前，不可能與對岸進行任何有關兩岸定位的政治協商。
陸委會強調，兩岸兩會互設辦事機構主要是為了服務及保障兩岸民眾的權益。在協商過程中，包括社會各界關切的辦證問題、人道探視，派駐人員的行為規範，均不免具有政治敏感性，但政府在談判過程中都務實面對，積極爭取最大利益，也秉持一貫公開透明原則，與各界進行溝通並接受國會監督。
陸委會最後重申，對於兩岸協商，政府均遵循相關法律程序，委託海基會辦理，絶對沒有「談判國共化」的疑慮。呼籲各界理性看待兩岸兩會互設辦事機構議題，共同合作完成此一國家重要政策。