對近期國內部分人士及輿論對兩岸兩會（海峽交流基金會、大陸海峽兩岸關係協會）互設辦事機構定位與功能提出關切與批評，陸委會指出，政府推動兩岸關係的和平發展，是依據中華民國憲法及兩岸人民關係條例，以務實定位兩岸關係，也就是「一個中華民國、兩個地區」。
陸委會說，根據憲法，中華民國是主權獨立國家；而中華民國憲法上的領土，涵蓋台灣與大陸，政府當然不能承認在我國大陸領土上，另有一個國家的存在，因此我們不能承認對岸是一個國家。
新聞稿表示，既然如此，兩岸關係當然不是「國與國」關係。在國家定位上，政府依據中華民國憲法施政，絕無自我矮化或附和大陸「一個中國」原則的情形。
陸委會說，兩岸關係已具體實踐「互不承認主權、互不否認治權」的務實精神。同時，兩岸兩會互設辦事機構的協商過程中，政府均堅守既定立場，對於國家主權及民眾福祉，並無一絲一毫退讓；在國內共識未形成之前，更不可能與對岸進行任何有關兩岸定位的政治協商。
新聞稿說，兩岸兩會互設辦事機構是為了服務及保障兩岸民眾的權益。在協商過程中，包括社會各界關切的旅行證件申辦、遭限制人身自由國人的人道探視，以及雙方派駐人員的行為規範等各項權益保障與約束事宜，均不免具有政治敏感性，政府在談判過程中也都務實面對，並且積極爭取我方最大利益，相關法制作業也秉持一貫公開透明原則，充分向各界進行溝通，並接受國會監督。
陸委會重申，對於兩岸協商，政府均遵循相關法律程序，委託海基會辦理，絕對沒有「談判國共化」的疑慮。