陸委會指出，過去5年來，兩岸關係順利開展，雙方已具體實踐「互不承認主權、互不否認治權」的務實精神；兩岸兩會互設辦事機構的協商過程中，政府都堅守既定立場，對於國家主權及民眾福祉，沒有絲毫退讓，尤其是在國內共識未形成前，更不可能與對岸進行任何有關兩岸定位的政治協商。
陸委會表示，政府推動兩岸關係和平發展，是依據中華民國憲法及兩岸人民關係條例，以務實定位兩岸關係，也就是「一個中華民國、兩個地區」。根據憲法，中華民國是主權獨立國家，憲法規定的領土涵蓋台灣與大陸，政府當然不能承認在大陸領土上，另外有一個國家的存在，因此不能承認對岸是一個國家；既然如此，兩岸關係當然不是「國與國」關係。在國家定位上，政府依據中華民國憲法施政，絕無自我矮化或附和大陸「一個中國」原則的情形。
陸委會說，兩會互設辦事機構是為了服務及保障兩岸民眾權益，在協商過程中，包括旅行證件、人道探視，以及雙方派駐人員的行為規範等事宜，都不免具有政治敏感性，政府並沒有全部將它們當成事務性議題，談判過程中也都務實面對，積極爭取我方最大利益，協商過程及相關法制作業更秉持一貫公開透明原則，充分向各界進行溝通，並接受國會監督。
陸委會重申，政府非常重視各界對兩會互設辦事機構的關切，未來將持續參考各界建言並充分與社會溝通，以減少民眾不必要的疑慮；同時也呼籲各界理性看待兩會互設辦事機構議題，共同合作完成這個國家重要政策。