馬尼拉時報於7日刊登以「回歸常態」為題的社論，雖然標題看似正面，但部份內容卻與事實不符，包括指稱台灣被認為是中國大陸的一個省份、菲國海巡隊開槍前已予廣大興28號充份警告、未邀菲國參加瓊斯盃籃球賽是「沒有運動家精神」及「粗魯」等。
駐菲代表處新聞組投書指出，把台灣稱做中國大陸的一個省份，對台菲關係「回歸常態」沒有任何建設性幫助，所謂的「一中政策」也與射殺台灣漁民事件無涉，這僅成為任何政府意在逃避射殺責任的藉口。
投書澄清，依照廣大興28號船員的說法，菲方巡邏艇靠近時即直接發射子彈，也反問社論主筆，射擊並殺害完全沒有武裝的漁民是否具有「運動家精神」？是否「不粗魯」？
駐菲代表處籲請馬尼拉時報社論就廣大興案呈現雙方觀點，作出平衡及公正的分析，以免誤導讀者。
另外，投書也重申射殺事件發生在中華民國與菲國的重疊經濟海域，菲國海岸防衛隊的開槍行為已違反聯合國海洋法公約，中華民國是正當合法要求菲國政府正式道歉。
駐菲代表處呼籲菲律賓政府回應台灣合理的要求：正式道歉、懲凶、賠償受害者家屬及啟動漁業談判，「球在菲律賓這方很久了，我們希望事情能有最好的發展」。