總經費254億，長166.1公里的花東鐵路電氣化，和瓶頸路段雙軌化工程，目前正持續趕工當中，但是在穿越花蓮縣瑞穗鄉舞鶴台地的新自強隧道，卻因為遭遇惡劣的沉泥地質，造成在民國100年和101年接連發生3次抽坍，影響開挖進度，交通部目前採取利用，原隧道電氣化的替代方案，希望全線電氣化，可以在年底如期完工。
全長2667公尺的新自強隧道，目前的工程進度已經完成61.58%，但因為在挖掘隧道時，工程團隊遭遇惡劣的沉泥地質，導致進度落後許多，讓原本年底完工的計畫出現變數，因此交通部在今年1月就決定緊急啟動替代方案。
鐵路改善工程局第三工程段段長 陳天臨：「因為有一些擠壓抽坍，在(101年)7月28的時候，整個隧道擠壓1米4，(緊急)做結構上的加強，另外再引一些臨時的支撐，去防止隧道的崩潰。」
鐵路改善工程局局長 周永暉：「交通部在(102年)，1月14號來核定，用現有的自強隧道，先行來電氣化，全長是6.18公里，其中比較關鍵的是4.7公里的部分，也就是現在現有的隧道。」
前來視察的總統馬英九表示，鐵改局在面臨困難時，能夠及時啟動替代方案，讓東部民眾可以感受到交通的區域正義。
總統 馬英九：「這是唯一讓花東人感覺到，它跟台灣是一個生活圈的工程，原來是通到台東(鐵路電氣化)，我們現在把它延到知本，年底可以完工，再加上履勘，明年春節後就應該可以正式的通車。」
鐵改局表示，目前利用原自強隧道的電氣化工程，已經完成51座電桿基座，增加經費約1.2億，新自強隧道仍會持續興建，預計在104年底同步和花東鐵路全線電氣化，和部分瓶頸路段雙軌化一起完成，交通部也強調，未來南迴鐵路電氣化和花東鐵路全面雙軌化也都將陸續進行，完成全島鐵路電氣化的夢想。