特別費報支問題被視為是「歷史共業」，立法院民國100年5月3日通過會計法修法，將95年底前首長特別費除罪化。
同年10月底，無黨團結聯盟立法院黨團再提修法，希望將適用範圍擴大到民意代表和村里長，但各界意見分歧，交付朝野協商後，直到第7屆立法院結束後仍未處理。
屆期不連續，進入第8屆後，國民黨籍立法委員再提案修法。在立法院審理期間，時任立委顏清標所涉酒帳案判決定讞、並爆發多名大學教授涉入不實核銷案，包括台灣大學醫學院附設醫院創傷醫學部主任柯文哲也遭約談。
立法院院會5月31日三讀修正通過會計法修法，讓民代與學者報支經費有條件除罪，顏清標將可提前出獄，遭輿論質疑修法是「顏清標條款」。後來又爆發適用對象原包括「各大專院校教職員」，但通過的條文卻是「各大專院校職員」，漏「教」字，引發軒然大波。
會計法修法通過後，藍綠內部都有不滿聲浪。不過，行政院先前認為會計法修法是由個別立委提案，且經朝野協商通過，不是行政院的案子，不會提覆議。
在野的民進黨在效應發酵下，壓力持續升高，原本低調因應的民進黨主席蘇貞昌昨天先拜會行政院長江宜樺，呼籲行政院提覆議，之後並公開道歉，希望止血。
隨著輿論質疑聲浪日增，對行政院主計總處認為會計法修正條文雖未明列教授，但提案意旨都含教授在內，法界也表達不同意見。馬總統親上火線處理，上午邀總統府、行政院與中國國民黨高層會商2小時後，馬總統除道歉，並決定由行政院提出覆議。
黨政人士說，馬總統連日觀察與關心各界意見，昨晚決定於今早邀府院黨高層深度交換意見。
相關人士透露，行政院沙盤推演各種爭議解決方式；考量方案包括立法院提復議，也思考覆議或修法途徑，最後江宜樺選擇由行政院提覆議，認為這是最快途徑。
馬總統在記者會表示，經這幾天沉澱與思考後，認為修法過程中確實存有不少爭議，造成社會觀感不佳，傷害執政團隊信任。
他說，「包括行政團隊、國民黨立院黨團、以及我本人都應該深自反省與檢討」。
行政院發言人鄭麗文也轉述，江宜樺說，經深思熟慮後，相關修法的確有不妥的地方，考慮社會高度關切，如果副署公布，恐怕有違社會期待。
民進黨主席蘇貞昌除表達支持覆議，並表示民眾不能接受這次會計法修法結果，引起社會極大爭議，民進黨會深刻檢討、引以為鑑，未來一定會更戒慎警惕，嚴格要求自己符合人民期待。
行政院決定提覆議後，國民黨團書記長賴士葆、民進黨團總召集人柯建銘都表示支持，可望順利翻盤成功，暫時解決紛爭。