馬總統在接受日本共同通信社專訪時表示，4月10日台日簽訂漁業協議，讓40年來困擾雙方的問題得到暫時的解決，一方面雙方都可在廣達7萬多平方公里的海域共同養護與管理，二方面雙方也設立一個常設委員會，繼續處理尚未達成共識的議題。
他指出，整個設計對這個地區來講都是一個重要的示範，因為這證明可以用和平方式解決爭端。
總統說，就他瞭解，台日漁業協議簽訂後，不論是在美國、歐洲或拉丁美洲，都得到非常正面反應，因為全世界沒有一個國家希望戰爭與動亂。台灣和大陸改善關係獲得國際肯定，同樣地，台灣與日本簽訂漁業協議，讓東海爭議大幅度地降低，也獲得國際間許多肯定，這對日本與台灣都是非常正面的事情。
不過，馬總統表示，台灣現在和日本簽的協議適用區域還有一些地方沒有觸及到，包括北緯27度以北的海域，及釣魚台列嶼12海浬的海域等，這部分當初大家都有共識，這一次沒有辦法談完的，到漁業委員會再談。
他說，漁業委員會是一個剛剛設立的常設機構，運作的方法還在摸索中，但是他相信，有了這一個常設機構，對維持雙方協議適用海域的安寧會有很大幫助，所以這一點台灣也高度期待。
另外，馬總統指出，靠南邊的部分水域也還是未定狀態，希望將來能夠在漁業協議中討論。