會計法新增條文：「民國101年（西元2012年）12月31日以前，各大專院校職員、學術研究機構研究人員支用政府機關補助的研究計畫費，報支、經辦、核銷、支用及其他相關人員的財務責任均視為解除，不追究行政及民事責任；如果涉刑事責任者，不罰，已報支不符法令的相關費用，應繳回。」
法律學者楊雲驊批評會計法修法的程序與內容，修法倉促，在人民與機關不知情的情況下，發生很多瑕疪。
會計法新增條文中，列舉人員大專院校職員，包括學術研究機構、研究人員，執行政府研究機構委託案，屬於免責範圍，但大專院校職員，並沒有「教」職員，漏掉大學教授「教」這個字。楊雲驊認為，這是立法院「無意的錯誤」，不是有意將「教」這個字拿掉，可用法律解釋，補充說明。他說，只有職員免責，沒有教授，反而違反憲法平等原則。
楊雲驊主張大學教授跟學術研究機構、研究人員同樣在執行政府研究機關委託案，必須平等處理，大學教授可放在學術研究機構、研究人員的範圍，只要透過法律解釋，就可達到。關於行政院是否覆議？楊雲驊認為，如果法律解釋能讓缺漏彌補，得以周延，用法律解釋即可達到效果。楊雲驊表示，覆議跟憲法覆議制度未盡相符，憲法規定覆議需在行政院認為法案有窒礙難行之處。但他認為法律明確，無須覆議，覆議是解決行政跟立法兩權爭執的政治解決機制，兩權無嚴重爭執，透過法律解釋可解決。
行政院發言人鄭麗文表示，主計總處5日會同法務部與行政院法規會研討後認為，修正條文雖未明列「教授」，但從委員原提案的意旨及說明，都含「教授」在內，非常明確。行政院重申，不會對會計法修法覆議。