立院在5月31日夜襲《會計法》修正案三讀通過，讓民代、教授特別費除罪化。法務部指出，原條文適用對象寫明「大專院校職員」，漏列「教」字，恐怕所有教授會被排除在除罪化範圍。
法務部政務次長陳明堂指出，以目前的立法條文，除罪的範圍僅及於大專院校的職員及系主任、副校長等兼任行政職務的教授，不包括未兼行政職的教授。
國民黨政策會執行長林鴻池表示，可能是當初朝野協商時打字漏寫，不過，立法意旨寫得很清楚，是基於制度不夠完備，讓數千名教授動輒身陷囹圄，才會修法了結這個「歷史共業」，而且法條裡「其他相關人員」應該也涵蓋教授，行政部門可先以「法律解釋」途徑，否則要等立法院9月新會期提出修法。而國民黨書記長賴士葆表示，教授若被查出確實有公款私用，仍會以刑法伺候，不是通通都除罪。
民進黨立法院黨團表示，三讀文字是由政院修改後送立院朝野協商，應由政院提覆議，依字面解釋，「其他相關人員之財務責任」能否涵蓋解釋為教授，應由行政院定調。而立院本會期已經休會，臨時會若重啟修法，複雜度較高。