南投地區於6月2日發生規模高達6.3的強震，致使高鐵部分路段電力中斷、行駛中的列車急停，總計有27班次取消，並延誤5萬名旅客行程，但恐無法獲得「退費」補償。而台鐵的彰化雲林路段鐵軌彎曲，集集線也有路樹倒塌、落石的情況，共54班次、約2萬人受到影響。
南投發生的6.3級強震，全台大「震」撼，除雲林草嶺有6級的震度外，南投日月潭、彰化、嘉義、台中、台南等地的震度都有5級，是自2010年甲仙地震後，震度最強的一場地震。造成高鐵苗栗到嘉義區間的災害告警系統啟動，部分路段電力中斷，導致6班列車緊急停駛，以及北上12班、南下15班次，共計27班次取消，估計有5萬多名旅客行程受到影響。
高鐵表示，2日下午1點43分發生地震時，災害告警系統(DWS)的地震偵測計(MES)所測得數值，已達最高第三級應變標準，是高鐵遭遇震度最強的一次。除立即成立緊急應變中心外，並派維修人員進行相關設備檢查，2點08分恢復低速前進，直至晚間6點44分才全線恢復正常，延誤最長的班次將近4小時。
但是受到延誤的旅客，恐無法獲得高鐵的「退費」補償。高鐵指出，地震屬於天然災害，所以並不適用於延遲退費的規定。不過，因地震取消或延遲車次的旅客，如果車票尚未使用，則可在原搭車日起的1年內，持車票到各車站售票口辦理全額退費，並免收手續費。
同樣受到地震影響的台鐵，則是在彰化二水到雲林林內路段，發生鐵軌扭曲變形的情況，火車行經時速僅能維持在30公里以下低速慢行，造成火車大誤點。而集集線則有路樹倒塌及落石，導致列車一度暫停行駛濁水到車埕路段，期間影響到54列次大亂、2萬多名旅客行程延誤。經搶修後已在2日下午4點42分恢復全線通車。