立法院在會期結束前30分鐘內三讀通過修法，將民代、教授不實核銷問題解套。由於是朝野黨團共同協議通過，引起社會批評。國民黨大小黨鞭事後不願回應；民進黨團則是內部出現反彈聲浪，指向總召柯建銘未經討論就簽字同意；台聯則是因為「不忍見柯文哲為制度所困」；親民黨團總召李桐豪3日上午也不接電話回應。
立法院5月31日三讀通過「會計法第99條之1修正案」，包括99年底以前各民意機關支用之研究費、公費助理費與其他業務費、出國考察費；101年底以前大學院校職員、學術機構研究人員支用政府補助之研究計畫費，其報支、經辦、核銷、支用人員，均不需負民、刑事責任，是繼政務首長特別費後的另一波除罪修法。
台聯立院黨團總召林世嘉說，為了不再讓與台大醫師柯文哲一樣在急診室為民眾生命拚搏的醫師，或埋首學術的教授，受制度缺失所困，犧牲清譽，因此台聯黨團忍痛同意修正會計法第99條之1，將研究經費核銷缺失除罪化。
台聯黨團副總召許忠信則說，他反對民代與教授學者除罪化，他認為未經充分討論的修法，是違背程序正義。
民進黨立院黨團總召柯建銘表示，上屆朝野本已有共識將特別廢除罪化，只是屢遭擱置，這次林滄敏提案修法，黨團大會中沒有異議，初審時也無意見通過，因此這不是突襲，也沒有未經討論的問題。
民進黨立委陳其邁則表示，民代公費與學者研究經費的核銷問題本質不同，不能雞兔同籠混為一談；而黨團事前沒有討論，事後應該面對，他認為行政院應對此應提出覆議案。
民進黨立委趙天麟也說，此事民進黨內都沒有共識，本會期也沒有討論，忽然就在半夜三讀通過，讓黨內立委背負罵名，他認為「柯總召欠民進黨團一個說明」。
這次修法通過後，國民黨大小黨鞭都低調不接電話。親民黨團總召李桐豪上午也未接手機。
據了解，總統馬英九、行政院長江宜樺對此次修法過程也都知情，行政部門事前曾找過兩批專家學者研擬相關草案。