陸委會對此表示，政府會秉持公開透明原則與各界溝通對話，除將相關社會輿論廣泛納入考量，並持續性地徵詢學者專家、相關團體意見，未來也將持續舉辦諮詢與座談，聽取各方的建議。
陸委會是在五月三十日舉行例行諮詢委員會議，就「兩岸兩會互設辦事機構」議題進行討論，陸委會官員會中先就「兩岸兩會互設辦事機構」規劃重點、法制配套及協商進展等進行說明。
陸委會指出，政府推動兩岸兩會互設辦事機構，根據陸委會的民調顯示，超過七成的比例贊同海基會在大陸設辦事機構，能落實官方辦事機構的功能與業務。
而基於兩岸兩會互設辦事機構牽涉層面廣泛、困難度高，陸委會已邀相關部會組成跨部會專案小組，就所涉及的協商規劃、法規修訂、說明溝通、行政配套及安全評估等，擬訂整體工作計畫及規劃研究。陸委會並已提出「大陸地區處理兩岸人民往來事務機構在台灣地區設立分支機構條例草案」，送請立法院審議。
諮詢委員則認為，兩岸兩會互設辦事機構是兩岸關係制度化的重要指標，應設定短、中、長程目標，循序推動。與會部分委員認為，國會及民意是台灣最大的資產，在本議題的規劃及協商中，朝野應良性溝通，行政與立法部門也應相互支持，為國家共同利益齊心努力。
對於辦事機構的功能方面，有委員表示，提供旅行證件申請與發放的便利，是辦事機構相當重要的服務功能，政府在後續的協商中，應為兩岸民眾持續爭取實質服務功能；辦事機構功能的發揮有賴組織結構及運作方式的設計，建議海基會在中國大陸的辦事機構，可與我在中國台商建立互動機制及相輔相成的夥伴關係。