行政院大陸委員會諮詢委員會議5月30日就「兩岸兩會互設辦事機構」議題展開討論，論及「如何增進朝野各界對兩岸兩會互設辦事機構的支持」、「後續協商應爭取之實質功能」、「兩岸兩會互設辦事機構對兩岸關係正常化及和平穩定的意義」等議題。
與會委員表示，兩岸兩會互設辦事機構是兩岸關係制度化的重要指標，應設定短、中、長程目標，循序推動。
有委員提醒，政府在兩岸兩會互設辦事機構議題的協商上應有談判戰略思考，不應對此議題設定時間壓力，以降低可能的風險；同時，朝野應良性溝通，行政與立法部門也應相互支持，為國家共同利益齊心努力。
在辦事機構的功能方面，有委員表示，提供旅行證件申請與發放的便利，是辦事機構相當重要的服務功能，期待政府在後續的協商中，為兩岸民眾持續爭取實質服務功能。
此外，辦事機構功能的發揮有賴組織結構及運作方式的設計，有委員也建議海基會在大陸的辦事機構，可與在大陸台商建立互動機制及相輔相成的夥伴關係。
陸委會表示，兩會互設辦事機構牽涉層面廣泛、困難度高，陸委會已邀相關部會組成跨部會專案小組，就所涉及的協商規劃、法規修訂、說明溝通、行政配套及安全評估等，擬訂整體工作計劃，並已就相關具體工作項目進行規劃研究。