根據三讀修正通過條文，民國99年底前各民意機關支用的研究費、公費助理費與加班費、業務費、出國考察費；各鄉（鎮、市、區）公所支用的村（里）長事務補助費；101年底前各大專院校職員、學術研究機構研究人員，支用政府機關補助研究計畫費，報支經辦核銷支用及其他相關人員財務責任視為解除，不追究行政及民事責任，如涉刑事責任者不罰，但已報支不符法令的相關費用應繳回。
不過，意圖為自己或第三人所有非關研究執行的財務，而報支政府機關研究計畫費者，不適用不罰規定。
提案修法的中國國民黨籍立法委員林滄敏表示，行政首長特別費已除罪化，民意機關的業務費與首長特別費具相同特徵，也應除罪化，以免有差別待遇。
立法院長王金平接受媒體訪問時表示，行政首長的特別費先前已處理，很多人認為民意代表及學術界誤用研究費、加班費等也應一併處理，解決歷史共業，讓大家有新標準可遵循。
至於因酒帳案服刑的前立委顏清標能否適用？他說，他不清楚，要看主管機關解釋。
台灣團結聯盟立法院黨團總召集人林世嘉晚間表示，很多教授不明白經費核銷規定，誤用不符名目發票核銷研究經費，誤觸法網，連台灣大學醫學院附設醫院創傷醫學部主任柯文哲都成為制度犧牲者，不忍認真教學的學者受害，才忍痛修法。