菲律賓曾在2011年將我國籍詐騙嫌犯遣送至中國大陸，加上近日的台菲漁業爭端，都凸顯台菲司法互助協定的重要。根據協定內容，未來台灣與菲律賓得就取得證據、搜索扣押等司法程序互相協助，且不論在接受請求方領域內是否構成犯罪，雙方都應該盡最大努力提供協助；但若請求所涉犯行屬於政治犯罪、或請求有害接受請求方領域安全或類似重要利益時，得拒絕協助請求。
協議也指出，受請求方領域內之人被要求取得證據時，必要時應強制出庭、作證或提供文書、物品等證物；且協議也規定有需要時，被請求方得至請求方領域內作證，由請求方支付相關費用。