在縣長官邸 對首長發號施令
起訴書特別指出，卓伯仲在彰化縣長官邸召集副縣長、局處首長等人，由彰化縣工策會幹事呂振維傳達其旨意，相關局處首長稍有不從，卓伯仲動輒以電話發號施令、斥責或以穢語辱罵「搞不清楚現在誰當家執政」等語，逼使局處首長就範，或向縣長卓伯源告狀何官員不聽指令，宛如將彰化縣府當成自家企業、皇朝般經營與發號施令，卓雖非公務員，仍適用貪污治罪條例。
同案遭起訴的還有卓伯仲友人黃四吉、縣府前行政處代處長楊瑞美、行政處文書科長李耀全、取得環保袋標案的敞盛公司負責人馮啟峰及呂振維與其他縣府人員、廠商共十六人。
卓伯源：未授意任何不法情事
彰化縣府則發表聲明指出，縣府尊重司法調查程序，卓伯源就任以來從未授權或授意任何人從事不法情事，希望司法儘速釐清真相，不要讓守法的公務員成為受難者。
卓伯源則對卓伯仲被起訴一事表示，他沒看到司法文件內容，無法回應。不過，稍早他面對議員質詢時表示，卓伯仲若做錯事，就必須承擔司法的後果。
卓伯仲昨未出面說明，手機也不通；楊瑞美說，她不清楚起訴內容，要與律師研究後才能對外說明；李耀全接電話後未說明，之後便關機。
起訴書指出，民國一百年十月間，卓伯仲以宣傳彰化縣府主辦「台灣燈會」為由，由黃四吉找馮啟峰協力製作環保袋發送給參觀燈會的民眾；黃四吉為賺取差價，透過其子向敞盛訂三百多萬只環保袋，約定每只單價為三十五元，並協議借用敞盛名義及證件投標。
卓伯仲另指示呂振維設計環保袋的規格、圖案與顏色，並告知環保袋採購案內定由黃四吉得標，呂即選定三款環保袋並依卓伯仲指示轉寄給黃四吉、馮啟峰，敞盛掌握尚未公告的規格，據此進行生產。
16人起訴 檢求對卓從重量刑
當年十一月間，卓伯仲指示楊瑞美辦理環保袋採購案，楊瑞美、李耀全及行政處職員等人訂定條件嚴苛的環保袋交貨日期及數量，降低其他廠商競標意願，馮啟峰另向友人借牌投標；十二月二十二日環保袋採購案開標，敞盛意外未得標，卓伯仲將決標數量由七百萬只驟減為一萬只，逼使廠商棄標，重辦招標才由敞盛得標，環保袋採購數量陸續增加至三百零八萬只，讓敞盛不當得利四千九百多萬元。
此外，擔任馬吳彰化競選總部總幹事的卓伯仲，以支付文宣費用名義，將一千萬元選舉經費匯給敞盛以支應貨款，另購紀念盤、文宣品等，以不實單據向馬吳競選辦公室辦理核銷，侵占近二千四百萬元。
檢察官認為，卓伯仲不顧總統大選選情激烈，侵吞近二千四百萬元輔選經費，印證「前方吃緊，後方緊吃」。卓的所作所為實在是「下民易虐、上天難欺」，因此向法官請求對卓伯仲、呂振維從重量刑。