台灣的十一人調查小組，四天以來在菲律賓國家調查局（ＮＢＩ）的全力配合調查之下，順利地完成任務。帶隊的屏東地檢署主任檢察官林彥良表示，菲方的態度開誠布公，肯定此次台菲合作調查成效。
由於台菲雙方簽有保密協定，我調查小組擔心橫生枝節導致合作再度夭折，此行口風甚緊，只由我駐菲代表處（ＴＥＣＯ）發表簡陋新聞稿。調查小組擔心遭媒體包圍動輒得咎，四天下來都靠外賣果腹不敢外出用餐，全心投入調查工作。
我方行前向菲方提出登船、驗槍、檢視事發錄影帶、協助訊問涉案人員、檢視筆錄、安全維護與航程記錄等十項司法互助請求。調查小組抵菲首日即在ＮＢＩ就公務船上八把M16步槍、六把M14步槍與三○機槍進行彈道測試，取回七十五顆彈頭，並取得涉案官兵與目擊者筆錄。
翌日，調查小組勘驗關鍵事發錄影帶，歷時約一小時；午後隨即轉往馬尼拉碼頭，登船勘驗菲國漁業署公務船MCS-3001，並登上小艇勘驗船身，成功發現右側有擦撞痕跡，當場拍照攝影存證，並刮下部分船漆以備比對。
調查小組前日詢問菲國農業部漁業局（ＢＦＡＲ）三名公務員與未開槍的八名海巡官員作證，同日取得事發錄影帶備份。
接下來，調查小組昨續詢問包括指揮官在內的九名海巡官員，另詢問一ＢＦＡＲ證人，也取得ＶＤＲ、肇事公務船原始油漆樣本，跨海取證工作大功告成，預定今日返國。