卓伯仲涉嫌透過前彰化縣政府行政處代處長楊瑞美等人，讓特定廠商取得標案，另在上屆總統大選中擔任馬吳彰化競選總部總幹事的機會，侵吞輔選經費。
針對自己的弟弟被起訴，卓伯源透過縣府新聞處發出新聞稿回應說，他從政以來一直秉持貫徹清廉縣政及個人廉潔自持的最高道德標準，也經得起考驗。
卓伯源表示，個人戮力從公，也經常告誡縣府同仁務必依法行政，他就任以來從未授權或授意任何人，去做任何不符合法令規定的事。
卓伯源說，希望司法程序儘速釐清事實真相，保護為彰化認真打拚、積極任事的公務人員，也呼籲不要讓無謂的放話、流言或推論臆測進行打擊或抹黑，對相關當事人等造成難以回復的傷害。