蔡英文表示，早在二○○八年六月第一次江陳會談，中國方面即提出兩會互設辦事機構議題，可見此事對北京的重要與迫切，其背後原因完全是政治因素，因為北京視台灣為中國的一部分，讓代表中國的機構到台灣設辦事處，可說是政治上一大突破，也等同在台灣樹立具有中國權力象徵的政治符號，一如當年新華社在接收香港扮演的角色。馬政府處理此一議題，不能故意將其窄化成為服務台灣人民需求的事務性問題，而不敢面對處理中國機構進駐台灣最核心的政治問題。
蔡強調，如果存在「一中原則」的政治前提，現在雙方所達成互設辦事處的協議及各種安排，很可能因為政黨輪替而無法繼續實施，則不但不能穩定兩岸關係，反成為兩岸之間及台灣政治發展的重大變數。在如此重大的國家議題上，馬總統沒有絲毫模糊以對的空間。
主權問題 馬政府不能迴避
針對兩岸設處的功能，蔡指出，派駐機構的功能須考慮到事實需要及可行性。如可便利雙方人民的簽證業務，馬政府和北京想用辦理旅行證件、簽注等名稱模糊政治問題，但雙方代表機構簽發證件一定會觸及主權問題，北京會接受台灣派駐中國機構可以內政部移民署名義簽發有中華民國國號及國旗的「入台證」（中華民國台灣地區入出境許可證）嗎？如不同意，難道我們要接受「去主權化」的安排，修改證件形式及簽證機關嗎？相對上，中國對台灣人民入出境是由香港及澳門中國旅行社代辦簽注事務，將來是維持現況或形式上改由中國駐台機構簽發？我方如何對等安排？都是最根本的政治問題，政府能迴避嗎？
蔡表示，要提供兩岸人民旅行方便，目前雙方皆已派駐旅行機構（我方台旅會及中國海旅會），由它們代辦證件「收受領發」的程序事務，即可達到方便目的，如捨近求遠，傷害主權，台灣人民絕難接受。
她也提醒，派駐機構另一重要任務是要服務在中國經商的廣大台商，但北京視服務台商為內政，並由國台辦主導、操控各地及全國台商協會做為代言人以及提供服務，未來台灣派駐機構可以發揮什麼樣的功能，必須說清楚，絕不能只是虛設機構，既達不到我方設處目的，反而在政治上配合北京需求。