對於台菲啟動司法平行調查，立委陳歐珀、蔡煌瑯昨在立院外交國防委員會質詢時擔憂此舉是「菲國的完美算計與布局」，認為雙方報告會有所出入；陳其邁更提醒「不要被人家賣掉還幫忙背書」，要求政府必須備妥下一階段的報復措施。
林永樂對此表示，國安會對菲制裁監督小組昨上午再度開會研商，直到菲國針對道歉、調查、懲凶、漁權談判四點做出正面回應前，政府不會停止制裁措施；立委進一步逼問是否進一步採取制裁措施，林卻不願鬆口，僅說會再行研議。
林永樂還說，政府將比照東海和平倡議模式，希望未來發展出南海和平倡議，各國可以和平方式，共同開發南海資源，而美方也樂見南海局勢穩定。
質詢過程中，不少立委也砲轟外交部在台菲交涉過程「誤判局勢、怠忽職守」，執政黨立委楊應雄也認為林永樂「太軟弱」，林對此回應「我本身比較個性溫和但不軟弱」，但外交部對國家權益和漁民權益立場一向堅持。
不過，立委陳其邁砲轟廣大興此案是「沒腦的國安團隊躲在幕後」，外長只是代罪羔羊，林永樂則說，他會負起全責，請辭下台也是選項之一；國民黨立委陳碧涵緩頰說，外交人才難得，勉勵林永樂不應輕言辭職。
台菲爆發漁事衝突後，奉命返國的駐菲代表王樂生也說，與菲國交涉過程「說實在還有不滿意的地方」。他強調，除非廣大興案獲得完全解決，才會返回駐地，否則就會持續交涉。
而廣大興漁船事件，台菲已啟動司法調查，不少立委卻質疑「平行調查」並非「共同調查」，法務部次長陳明堂昨對此表示，調查報告公布前，台菲雙方將會相互討論.
至於雙方調查報告若有很大出入，他則說「我方針對各種狀況，會做最壞的打算」。