初審通過條文明定，非經主管機關許可，禁止在重要濕地或其上游、周邊水域投放化學物品，排放或傾倒污（廢）水、廢棄物或其他足以降低濕地生態功能的污染物等。
初審通過條文也規定，有禁止從事行為者處新台幣30萬元以上150萬元以下罰鍰，並命其停止使用行為、限期改正或恢復原狀；屆期未停止使用行為、改正或恢復原狀者，按次處罰。
不過，濕地定義與重要濕地廢止等關鍵條文保留送協商。
濕地定義部分，協商版規定包括水深在最低低潮時不超過6公尺海域，行政院農業委員會漁業署官員表示，這是漁民養殖牡蠣重要作業場所，並涉及專用漁業權，可能產生法律競合問題；民主進步黨籍立法委員李俊俋說，養殖或養蚵是濕地明智利用，沒什麼影響。
至於重要濕地廢止規定，內政部營建署長葉世文表示，行政單位主張有廢止規定。
民進黨籍立委林淑芬則說，可在變更規範中處理；前親民黨籍立委張曉風也說，明智搶救、利用，不違背濕地法精神，不廢止是尊重濕地原來樣貌。
至於張曉風在委員會參與討論，內政委員會召集委員李俊俋受訪表示，張曉風長期關心濕地法，雖已不是立委，仍邀她列席，表達民間人士看法。