立法院外交及國防委員會就「菲律賓公務船射殺我國漁民事件處理之後續作為」邀請相關官員列席備詢，但國家安全會議秘書長袁健生、總統府秘書長楊進添請假未出席，引發民進黨籍立委蕭美琴、邱議瑩不滿。
委員會召集委員、立委蕭美琴表達遺憾。她說，國家面對這次危機，在野黨也已表達支持政府立場，尤其後續必須凝聚國家共識，但國安會、總統府官員未列席，失去這樣發言的機會，感到相當遺憾。
蕭美琴說，她過去在總統府擔任顧問時，也曾被叫來立法院列席，因此現在國安會、總統府官員不來立院列席，只是藉口，尤其規避體制內監督，她無法接受。
立委邱議瑩說，面對漁船事件的決策，是由國安會做決定，為何國安會、總統府官員不到立院列席備詢，「我覺得每次都把外交部長推上火線，由他（指外交部長林永樂）來承擔，不太合道理？」
林永樂則說，他所做的都是根據國安會議結論，並獲得授權進行談判。
此外，蕭美琴也關切林永樂15日與菲律賓駐華代表白熙禮談判過程，總統馬英九有無掌握版本的變化？林永樂答覆說，他按照國安會議指示來處理，「這部分完全是我自己在談，自己在負責」，「整個談判過程確實是我自己在主導」。
林永樂說，政府對菲國提出的4項嚴正要求，菲國必須同時符合台灣方面要求的標準，今天已啟動調查小組進行實質調查，「這4項要求要同時達到我們的標準，這個要件非常清楚」。
4項要求包括正式道歉、賠償損失、嚴懲凶手、簽署漁業協議。