調查團由屏東地檢署主任檢察官林彥良領隊，他日前已抵達菲律賓。刑事警察局鑑識專家技正李經緯、測謊專家林故廷、國際刑警科組長李佳進3人上午出發前去會合。至於屏檢檢察官劉嘉凱、曾士哲等人則因簽證問題，預定改搭下午班機赴菲。
有別於上回調查團抵菲無人接機，李佳進等人抵達時，多名國家調查局（NBI）人員出面接機，一群菲律賓媒體，包括GMA等多家電視台、廣播、報紙記者蜂擁而上。李佳進說，將前去國家調查局與對方會面，語畢一行人隨即前往國家調查局。
本次調查團成員之中，林故廷是現任刑事警察局鑑識科測謊組長，7年前也曾到菲國對涉及槍殺「滿春億號」漁船的2名水警測謊，此次盼循昔日經驗模式，檢測涉案海防人員說詞。
林故廷當時運用區域比對法和緊張高點法測謊，2名水警雖坦承開槍，但強調是依法執行職務，沒登船也不知對方死亡。當時林故廷將測謊題目交給菲國測謊人員，由菲國人員訊問施測，林在旁判讀心跳、血壓等儀器上的圖譜變化，判斷出水警說謊，藉此順利完成測謊工作。
此外，刑事局派出李經緯和李佳進前往，其中李經緯曾參與319案槍複雜彈道熱區比對，他日前曾南下勘驗遭槍擊的漁船，此行到菲國除了解當時海防人員所使用槍枝，並希望帶回彈殼等證物鑑驗。
調查團歷經上回赴菲律賓調查碰壁而無功而返，台灣與菲國達成共識，菲國同意台灣所提登船驗槍、檢視事發錄影、提供航程紀錄、協助詢問涉案人員等10項司法互助請求。