經過台、菲司法部門密切聯繫後，兩國的調查小組27日同時赴對方國家進行調查。
外交部長林永樂表示，台灣調查團上次到菲律賓時已建立一些司法互助聯繫機制；之後，台灣方面也由主任檢察官跟菲方司法部、調查局密切聯繫。雙方是基於對等互惠原則進行司法互助，這也是彼此合作的開始。林永樂：『(原音)過去一個多禮拜來，雙方面對於司法互助的項目，在對等互惠的原則下已經完成。大家看到菲律賓調查小組今早會到，我們今早會到菲律賓去，是雙方合作的開始。』
對於台灣調查團上次到菲律賓時受到刁難，林永樂坦承，當時由於台灣啟動對菲律賓的制裁，菲方的確有些技術上的拖延，但這次雙方都有書面憑證，也會提供對方必要的協助，不會再發生類似情況。
林永樂並表示，這次調查小組過去，就是要讓菲律賓了解台灣政府對這起案件的重視，並把相關證據呈現給菲國媒體，讓他們了解此案的嚴重性。他也指出，目前還有一些菲國媒體在台灣採訪相關報導，這是正面發展。