調查團歷經上回16日赴菲律賓調查碰壁而無功而返，法務部連日與菲國磋商協議達成共識，定調為「合作調查、發現真相」。雙方以白紙黑字的司法互助請求書為憑，菲國同意台灣調查團所提登船驗槍、檢視事發錄影、提供航程紀錄、協助詢問涉案人員等10項司法互助請求。
基於平等互惠原則，台灣也同意菲律賓提出登船驗槍等11項協助請求，雙方互派調查團同在27日上午出發。
我方調查小組以屏東地方法院署檢察官為主，由主任檢察官林彥良領隊，成員包括屏檢檢察官劉嘉凱、檢察官曾士哲，與刑事警察局相關鑑識專家，技正李經緯、測謊專家林故廷等8人，將搭乘上午7時35分的班機前往馬尼拉，希望透過實地調查，還原事實真相。
法務部表示，我方調查團此行可能在菲國停留4到5天，將視情況而定，雙方將在符合司法互助「互惠平等」精神的前提下進行合作調查，以究責賠償，還給死者公道。