前總統陳水扁申請重新入黨，成為民進黨全代會場外的話題焦點。民進黨前主席蔡英文25日表示，陳水扁是民進黨必須面對的問題，她希望民進黨在處理陳水扁入黨一事時，能顧及民進黨重視清廉的基本價值；蔡英文也指出，社會上仍有很多人不認同陳水扁，陳水扁應該要多努力。她說：『(原音)陳前總統的案子，社會有很多人同情，但是社會也有很多人對他過去的作為有一些不能認同，所以我覺得陳前總統自己也要多做努力，讓社會能重新接受他、認同他，也能同情他的處境。』
民進黨內近來對於陳水扁當年是自行退黨還是被開除黨籍出現爭議，有人認為2008年民進黨廉政會已做出開除決議，但中常會日前又確認陳水扁是自動退黨；時任民進黨主席的蔡英文表示，廉政會當年的決議很清楚，她認為此事應該交由民進黨仲裁會解釋。
行政院前院長游錫堃則支持陳水扁重返民進黨，且主張推動司法改革。總統府前資政辜寬敏則表示歡迎陳水扁重新回黨，但此事要看時機；高雄市長陳菊不願表示意見，僅指出既然中常會已經決議，就按照程序處理。