根據判決書指出，雲林縣政府經審議，認為斗六糖廠具文化景觀的高度文化與歷史價值，於民國99年4月公告登錄為「文化景觀」，並檢附文化景觀清冊及保存維護計畫，報請當時的行政院文化建設委員會備查。
台灣糖業公司不服，提起訴願遭駁回後，提起行政訴訟指出，台糖經營的糖廠分散全台各地，各糖廠的相同景觀已分別被指定為「古蹟」、「歷史建築」或「文化景觀」，其中雲林縣境內已被指定7件，雲林縣政府「以指定文化景觀之名，行徵收之實」。
雲林縣政府主張，現存的斗六糖廠具文化、歷史價值，更是全體國民的公共利益財產，若不盡速登錄，恐將隨時間流逝，消失殆盡。
最高行政法院維持高雄高等行政法院更一審認定，斗六糖廠被登錄為文化景觀，是為保留台灣製糖產業在雲林縣的發展歷史及結合雲林縣自然環境而形成的工業景觀，而非單純製糖工廠的形貌本身，判決台糖敗訴定讞。