法務部政務次長陳明堂表示，我方昨天已將回覆意見透過外交部轉交菲方。
須基於平等互惠原則
對於我方司法互助請求，陳明堂指出，我方共請求菲方十項司法互助項目，包括登船、檢驗兇槍、間接訊問涉案人員、提交案發過程錄影畫面、提供行兇開槍資料等；但菲方只同意我方登船和驗槍，其餘部分尚未回覆，還在磋商中。
菲國方面則請求我方司法互助十一項，包括勘驗廣大興廿八號漁船、相驗洪石成遺體、直接訊問生還船員等。
陳明堂表示，洪石成遺體已入殮，我方拒絕菲方相驗，也不准直接訊問生還船員，但菲方可調閱洪石成的解剖鑑定報告；其餘部分只要基於平等互惠原則，我方絕大部分都會同意。
陳明堂指出，未來赴菲調查工作將由屏東地檢署主導進行，屏東地檢署主任檢察官林彥良昨天已搭機赴菲，協助駐菲代表處磋商司法互助；林彥良與目前還待在駐菲代表處的法務部主任檢察官楊婉莉交接後，楊婉莉即返台述職。
陳明堂指出，本案為發生在海上的跨國犯罪，須在台菲尊重彼此司法主權下，依平等互惠原則，相互提供並取得完整資訊，進行實質調查後，才能釐清真相並依法訴追和賠償，在此前提下，我方調查小組可隨時到菲國，我方也歡迎菲方調查小組隨時來台。
據了解，外交部昨天已收到菲方傳真的司法互助請求資料，法務部認為傳真模式不夠正式，為避免菲方再度出爾反爾，建議外交部要求菲方提供正式的書面資料。
在外交部和駐菲代表處努力下，菲方終於照辦，相關司法互助細節，駐菲代表處正與菲方協商，目前雙方調查人員還未展開實質調查。